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[综合讨论] 从该图中是否可以说明存在过渡态?

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楼主
该图是DMol3 模块,做完动力学输出的能量随时间变化的情况,从该图中是否可以看出反应存在过渡态?,,如果可以,是怎样分析出的??

Energy.JPG (111.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

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发表于 Post on 2018-11-12 22:24:14 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
过渡态属于势能面上驻点,跑MD中的结构应该不是平衡位置的结构吧?

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发表于 Post on 2018-11-13 03:11:26 | 只看该作者 Only view this author
跟这种图毫无直接关系
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发表于 Post on 2018-11-13 07:12:27 | 只看该作者 Only view this author
你是不是对过渡态有什么误解

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-13 09:21:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-13 03:11
跟这种图毫无直接关系

老师,我明白没有直接关系,我的意思是能不能根据这个图得到一点儿是否存在过渡态的信息。

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发表于 Post on 2018-11-13 11:08:26 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-11-13 09:21
老师,我明白没有直接关系,我的意思是能不能根据这个图得到一点儿是否存在过渡态的信息。

都没直接联系,显然不能
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发表于 Post on 2018-11-13 22:09:28 | 只看该作者 Only view this author
用MD找过渡态都需要限制性一部分自由度,比如非常经典的 metadynamics,Blue moon method,通过设定collective variable可以得到自由能势能面。直接跑md不能得到过渡态

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发表于 Post on 2018-11-14 13:55:49 | 只看该作者 Only view this author
得搜索过渡态吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-14 15:11:53 | 只看该作者 Only view this author
一颗赛艇 发表于 2018-11-13 07:12
你是不是对过渡态有什么误解

我想的是,根据这个MD结果,能够找到一个存在过渡态的范围,这样再去找过渡态,不就可以效率高一些吗?

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发表于 Post on 2018-11-15 06:05:59 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-11-14 15:11
我想的是,根据这个MD结果,能够找到一个存在过渡态的范围,这样再去找过渡态,不就可以效率高一些吗?

瞎跑MD纯粹浪费时间,有那功夫都能试几十甚至几百次过渡态初猜了。

专门有借助MD自动搜索过渡态的算法,诸如Phys.Chem.Chem.Phys., 2015, 17, 14912,Journal of Computational Chemistry 2015, 36, 222–234
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-15 09:46:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-15 06:05
瞎跑MD纯粹浪费时间,有那功夫都能试几十甚至几百次过渡态初猜了。

专门有借助MD自动搜索过渡态的算法 ...

谢谢sob老师

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