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[VMD] 在VMD中给部分区域原子添加透明分子表面来突出显示

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楼主
回答之前一个合作者的问题时录了个小视频,有兴趣可以看看

在VMD中给部分区域原子添加透明分子表面来突出显示
https://www.bilibili.com/video/av33943810/

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-10-16 15:19:33 | 只看该作者 Only view this author
是否能出一个关于vmd如何选取部分原子这类操作的教程呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-17 04:19:21 | 只看该作者 Only view this author
涅涅尘 发表于 2018-10-16 15:19
是否能出一个关于vmd如何选取部分原子这类操作的教程呢?

简单的按照序号选取例子:
serial 5 to 200 210
即选取5~200和210号原子

想在图形界面里直接通过滑框选取可以用gview,参考这里的演示
使用Multiwfn计算分子的某个片段的电荷
https://www.bilibili.com/video/av26312703/

VMD系统的用法包括选择语句的详细介绍是在北京科音的“分子动力学与GROMACS程序培训班”里详细讲的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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