gromacs模拟退火求助

hnfn · 发表于 Post on 2018-8-20 17:16:33

我用gromacs做水蒸气成核凝并的仿真。进行退火处理时，将退火控制文件、能量最小化后得到.gro文件、top文件合并成tuihuo.tpr。但是当我用命令gmx mdrun -v -deffnm tuihuo运行时，只输出了edr文件和.log文件，为什么没有新的.gro文件输出啊。我的退火控制文件:
title = OPLS Lysozyme MD simulation
; Run parameters
annealing = single
annealing-npoints = 3
annealing-time = 0 100 200
annealing-temp = 470 520 470
我想问一下是哪里有问题啊？因为是个新手所以不太确定到底怎么错了。如果我不退火处理直接在nvt系综下仿真2ns是可以得到仿真结果的。

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-20 22:46:09

如果这就是mdp全部内容，过度简单了，重要设定全都没有，比如输出轨迹频率等等

参考此mdp

cool.mdp (700 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 292)

hnfn · 发表于 Post on 2018-8-22 16:19:46

sobereva 发表于 2018-8-20 22:46
如果这就是mdp全部内容，过度简单了，重要设定全都没有，比如输出轨迹频率等等

参考此mdp

好的谢谢soberva老师

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