计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9345|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NAMD] POPE膜的构建问题

[复制链接 Copy URL]

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位前辈好,我现在在做环肽纳米管跨膜体系的构建。实验室的师兄留下来跑过平衡的POPE膜,有一定大小的孔径。但是这个孔径不适合我的环肽纳米管,我自己也用vmd构建了一个POPE膜,但是在跑平衡的过程中容易散。请问各位前辈,我应该怎么做才可以让我的管子适合这个已经平衡的POPE膜。膜的pdb和psf已附上。谢谢各位!

mem.pdb

2.3 MB, 下载次数 Times of downloads: 9

mem.psf

4.58 MB, 下载次数 Times of downloads: 2

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120151

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-7-25 17:00:22 | 只看该作者 Only view this author
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你改了

如置顶的新人必读贴和论坛首页的公告栏所示,上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传,以节约论坛空间、加快下载速度。请下次上传时注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120151

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2018-7-25 17:04:41 | 只看该作者 Only view this author
与其说让管子适合这个POPE膜,不如说让POPE膜迎合管子。直接用VMD构建POPE膜,把纳米管插进去,去掉与管子严重重叠的磷脂分子就行了。
部分步骤可参考
Sob谈生物膜体系的搭建
http://sobereva.com/23
模拟初期为了避免水钻进膜与管之间的空隙,可以对水先加垂直于膜的限制势跑,等膜和管子之间自发紧密接触后再去掉限制势

PS:我不用NAMD。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-25 19:08:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-25 17:00
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你 ...

我下次会注意的,谢谢老师!

6

帖子

0

威望

393

eV
积分
399

Level 3 能力者

5#
发表于 Post on 2018-8-11 09:07:47 | 只看该作者 Only view this author
建议尝试在跑MD时 可以先fix住管子,只relax膜,平衡后再一起跑。

224

帖子

5

威望

4578

eV
积分
4902

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2018-8-15 17:54:23 | 只看该作者 Only view this author
可以参考NAMD的膜蛋白手册,一般模拟膜结构时都要首先限制除膜之外的其他结构,先将膜本身平衡,再平衡水,最后平衡跨膜结构。
我这不知到为啥没法上传附件了,只能贴个链接了http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Tutorial名称叫Membrane Proteins Tutorial

我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-27 15:56:15 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢您一直在回复我的问题

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 04:06 , Processed in 0.209375 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list