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[VASP] 动力学中怎么定量描述成键/断键?

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对于涉及成键/断键的化学反应,在用从头算分子动力学模拟时,怎么定量刻画成键/断键呢?

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发表于 Post on 2018-6-17 18:53:33 | 只看该作者 Only view this author
一方面可以绘制动画,比如绘制ELF等值面图、临界点随模拟过程的变化动画,参考下文(虽然multiwfn目前不支持VASP,但有其它程序暂时可以用)
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

另外就是把轨迹弄到VMD里显示,用dynamic bonds方式绘制,这样原子间距离小于一定阈值就会显示成键。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-20 16:25:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-17 18:53
一方面可以绘制动画,比如绘制ELF等值面图、临界点随模拟过程的变化动画,参考下文(虽然multiwfn目前不支 ...

请问老师,哪些从头算分子动力学程序的输出结果支持multiwfn的布局分析?怎么绘制动力学得到的轨迹中bond overlap population和Mayer键级随时间的变化?

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发表于 Post on 2018-6-20 17:15:03 | 只看该作者 Only view this author
清微 发表于 2018-6-20 16:25
请问老师,哪些从头算分子动力学程序的输出结果支持multiwfn的布局分析?怎么绘制动力学得到的轨迹中bond ...


不是布居分析,布居分析只是波函数分析当中的一种,当前问题也牵扯不到布居分析,考察bond overlap population(相当于Mulliken键级)对这个问题没什么意义

只要考察的不是周期性体系,每隔一段期间,导出结构用Gaussian等量化程序算个单点得到Multiwfn可以认的含有波函数信息的文件,然后分析、导出图像并合并成动画就完了

根据以下博文举一反三,某些脚本得根据实际情况自己写
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
制作动画分析电子结构特征
http://sobereva.com/86

Gaussian自己也可以做从头算动力学,很适合孤立体系。可以恰当利用以下工具实现你的目的
产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
如果是周期性体系,Gaussian做AIMD没法用。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-21 17:22:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-20 17:15
不是布居分析,布居分析只是波函数分析当中的一种,当前问题也牵扯不到布居分析,考察bond overlap pop ...

那对于周期性体系,有什么好的建议呢?

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发表于 Post on 2020-1-2 11:29:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-20 17:15
不是布居分析,布居分析只是波函数分析当中的一种,当前问题也牵扯不到布居分析,考察bond overlap pop ...

借此楼问老师点问题,我用xtb的MTD动力学跑了一些轨迹,我可不可以将轨迹分开用xtb跑单点(体系有100左右个原子)然后再提取波函数去分析成键断键的问题?xtb算出来的波函数精度能不能满足?

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发表于 Post on 2020-1-3 11:57:44 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2020-1-2 11:29
借此楼问老师点问题,我用xtb的MTD动力学跑了一些轨迹,我可不可以将轨迹分开用xtb跑单点(体系有100左右 ...

xtb的波函数太差,应当用像样的级别算单点得到质量能接受的波函数再用Multiwfn分析成键问题
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