计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14643|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 关于怎么计算氢键寿命

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

39

eV
积分
45

Level 2 能力者

本帖最后由 jitalaoui 于 2018-6-5 21:17 编辑

大家好,我想请问一下大家关于计算氢键寿命的问题。比如说我有300个pdb文件,也就是300ns每隔1ns得到的轨迹文件,我想求300ns内氢键的寿命,其中一个氢键在连续5帧内都存在氢键,5直接除以300就是这个氢键的氢键寿命吗?氢键自相关函数c(t)中<h>是什么意思,应该怎么带入求?求大佬指导~


捕获.PNG (6.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

捕获.PNG

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-6-6 03:49:12 | 只看该作者 Only view this author
氢键寿命明显达不到1ns,每隔1ns存一次的结构文件明显没法用于统计氢键寿命

如果你用的gmx,自带的hbond命令直接就可以输出氢键寿命,公式如下

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

39

eV
积分
45

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-7 15:09:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-6 03:49
氢键寿命明显达不到1ns,每隔1ns存一次的结构文件明显没法用于统计氢键寿命

如果你用的gmx,自带的hbond ...

哦哦,好的,谢谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 21:52 , Processed in 0.484076 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list