Soft Core以及 COM的设置问题

azero

有篇文献说的是在H-REMD中，利用Soft Core Potentials使蛋白-配体契合得更好（doi: 10.1021/ci500296f）
里面的一些参数实在是不知道怎么设置？（图片尺寸好大，好像设置不了）


1.如何使soft core应用于配体与受体和溶液的nonbonded interactions？
   感觉是分组，但没找到分组设置的选项

2.kcom = 1000 kJ mol−1nm−2  以及 d=0.7nm也不知在哪里设置。
  似乎kcom是在pull-coord1-k处设置，但d完全没头绪

请各位指导下~谢谢

beyond

如果要实现他们组的H-REMD, 你需要用到他们组自己的代码，专门负责Hamiltonian scaling的。

另外一个可行的办法是用Gromacs/plumed做H-REMD, 效果应该会差不多，我们组之前有同事做过。
https://arxiv.org/abs/1307.5144

azero

beyond 发表于 2018-6-5 23:43
如果要实现他们组的H-REMD, 你需要用到他们组自己的代码，专门负责Hamiltonian scaling的。

另外一个可 ...

谢谢回复~
还真是他们组自己写的代码 =0=
这几天也在摸索plumed。。。
不过没找到与以上文献类似的文章


利用plumed的话，
应该要把口袋设置为 hot region，那不知道配体是否需要设置为 hot region
还有那个COM似乎也很关键，应该是防止配体远离口袋。。GMX+plumed怎设置才能实现相似的效果呢

请问有没了解过？3Q

beyond

azero 发表于 2018-6-6 19:48
谢谢回复~
还真是他们组自己写的代码 =0=
这几天也在摸索plumed。。。

http://bbs.keinsci.com/thread-760-1-1.html

你可以看一下这个帖子， 当然你可以使用最新版的Gromacs-2018.1 + plumed 2 master version.

azero

beyond 发表于 2018-6-6 22:02
http://bbs.keinsci.com/thread-760-1-1.html

你可以看一下这个帖子， 当然你可以使用最新版的Gromacs ...

帖子之前已经看过，不过没能完全解决以上疑问
还是谢谢了~

beyond

azero 发表于 2018-6-6 23:58
帖子之前已经看过，不过没能完全解决以上疑问
还是谢谢了~

一般是设定 ligand+周围的一些氨基酸为hot region， 至于你说的COM约束，
用gromacs或者plumed都可以实现，有点类似harmonic potential

azero

beyond 发表于 2018-6-7 00:36
一般是设定 ligand+周围的一些氨基酸为hot region， 至于你说的COM约束，
用gromacs或者plumed都可以实 ...

3Q，我再去摸索一下~