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[GROMACS] 限制性动力学问题

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楼主
下午好!请教各位老师两个疑惑。 在学习GMX蛋白配体教程时,官网教程上是以能量极小化后的结构文件进行分组,这和先限制性动力学平衡后进行分组,那种分组方式更好一些?
                        GMX做NVT,NPT模拟时网站教程上写了两个文件分别执行,如果要把它们写入一个mdp文件,同时进行控压控温,模拟时间总体设为100ps,这样的结果可否认为体系先进行了NVT平衡100ps,后进行了NPT平衡100ps?


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发表于 Post on 2018-5-30 17:42:19 | 只看该作者 Only view this author
GMX没有官方教程,不知道你说的哪个

你问的分组问题有点莫名其妙。如果教程里的分组是为了能够对指定区域加限制势,那显然得在限制性动力学之前就设定group,没有group就没法对指定的组做限制性动力学

NVT和NPT没法写入到一个mdp里,没法一步做。模拟蛋白质没必要先在NVT下做
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-30 17:52:28 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师!

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