请问我建了个5*5*5的盒子。向盒子填十二烷分子，第一次填200个结构文件显示172个

shanxitaiyuan · 发表于 Post on 2018-5-16 19:17:32

请问我建了个5*5*5的盒子。向盒子填十二烷分子，第一次填200个结构文件显示172个，第二次填了172个又只填进去166个，如果设置填充250个可以填187个这是为什么呢

mol · 发表于 Post on 2018-5-17 08:50:02

gmx是以随机的构象往里填的，你想加200个的话可以建个大格子，然后跑npt
另外好像改小gmx里面默认的范德华半径也可以多加一些。
或者试试packmo也行，也是个建模工具。

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-17 09:39:47

你得说清楚具体怎么填的，如果是insert-molecules命令，你指定的填充数目只是填充上限，程序以随机算法去填，程序发现填不了那么多时，能填多少填多少，程序会保证分子间不会有过近接触（原子间距离不小于范德华半径和）。最多能填进去多少和元素的范德华半径参数有关，可以自己改参数文件。如果就是想填指定数目，参考2L的做法

shanxitaiyuan · 发表于 Post on 2018-5-17 16:08:57

我用的就是insert-molecules命令，请问那我的盒子不变范德华半径也没变，设置越多填进去的也多，还有请问2L做法是什么还有一种gmx solvate -box x x x -cs x x x.gro 这个命令填出来的分子个数是随机的而且并不是均匀分配在盒子里

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-17 17:26:45

shanxitaiyuan 发表于 2018-5-17 16:08
我用的就是insert-molecules命令，请问那我的盒子不变范德华半径也没变，设置越多填进去的也多，还有请问2L ...

solvate命令是对于你已经有跑平衡的要填充的分子的盒子的时候才用这个填充（诸如用spc216.gro填充盒子），你只有单个分子结构的时候不要用这个

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