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根据PMF求算binding constant

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zhaoxin

发布时间: 2018-4-23 09:53

正文摘要:

向各位大神求助，审稿人有一个问题，Inorder to investigate the adsorption efficiency of the chloroform on the surfaceof CPNS, I think that the PMF profiles as a function of radial distance between the c ...

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zhaoxin 发表于 Post on 2018-4-25 10:13:29

嗯嗯，看明白了，非常感谢大神指导

fhh2626 发表于 Post on 2018-4-25 09:26:36

本帖最后由 fhh2626 于 2018-4-25 09:27 编辑

fhh2626 发表于 2018-4-25 09:25
是先算出结合自由能，你要选取一个点，左边为结合态，右边为分离态

然后进行积分啊，公式里w就是自由 ...

分子从ksi=12开始，累加到你选的那个值，分母从你选的那个值开始累加到38.4

fhh2626 发表于 Post on 2018-4-25 09:25:01

zhaoxin 发表于 2018-4-23 15:46
嗯嗯，我看到了，还有想问下，您说的积分其实算出来的是binding energy然后利用公式直接算binding constant ...

是先算出结合自由能，你要选取一个点，左边为结合态，右边为分离态

然后进行积分啊，公式里w就是自由能曲线，然后ksi是反应坐标

积分就是求和，比如你width=0.1，那d(ksi)就是0.1，w(ksi)就是不同ksi时对应的自由能值

zhaoxin 发表于 Post on 2018-4-23 15:46:43

嗯嗯，我看到了，还有想问下，您说的积分其实算出来的是binding energy然后利用公式直接算binding constant的是吗，麻烦您了

fhh2626 发表于 Post on 2018-4-23 15:10:16

fhh2626 发表于 2018-4-23 15:09

ξ是反应坐标，ω是PMF

fhh2626 发表于 Post on 2018-4-23 15:09:31

zhaoxin 发表于 2018-4-23 11:21
这个公式G0 = − kBT ln K转换成的吗

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fhh2626 发表于 Post on 2018-4-23 10:53:27

选定一个距离，左边为结合态，右边为非结合态，然后根据公式积分就行，手机打公式不方便，你搜下我以前在论坛里的回答

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