谢谢，过年回家了，没有看到回复。

1 你的等值面数值不合适，取大了。上面氢键的区域的等值面周围出了一圈无意义的红色也是因为这个原因所致。
如果想屏蔽掉一部分红色或者所有红色区域，在计算完RDG+sign(lambda2)rho格点数据后，观看散点图，然后用
-3 Set function2 value where the value of function1 is out of a certain range
或
-2 Set function2 value where the value of function1 is within a certain range
把sign(lambda2)rho（函数1）为正的某些区域的RDG（函数2）设为100以屏蔽之。手册4.100.1节靠后部分也有示例。

2 假设萘的原子编号是1-18，在graphic-representation里把原先的CPK显示方式的selected atom里写成all not (serial 1 to 18)，然后点create rep新增显示方式，selected atom输入serial 1 to 18，然后再把drawing method改成你希望的。


另外，建议你把display-depth cueing关掉，否则图像雾蒙蒙的。