GMX MD 軌跡修正PBC失敗問題

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发布时间: 2017-10-13 10:37

本帖最后由 HarrisLin 于 2017-10-13 18:04 编辑早上的問題(在本文下半部) 導致蛋白-配體間的 50~100 ns RMSD 也出現劇烈升幅並於 100~200 ns 間漸漸再平衡(根據左圖) 另一個則是因為我的蛋白是跨膜蛋白 ...

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fhh2626 发表于 Post on 2017-10-13 20:52:59

HarrisLin 发表于 2017-10-13 17:42
發生新的問題寫在一樓

pbc wrap -sel "all" -all -center com -centersel "resname XXX" -compound res -shiftcenter {0 0 0}

试试这个呢（不太清楚gromacs的pbc是否能正确的读入VMD）

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
HarrisLin	+ 1	謝謝明天試試看

HarrisLin 发表于 Post on 2017-10-13 17:42:00

發生新的問題寫在一樓

fhh2626 发表于 Post on 2017-10-13 12:10:57

观察你的轨迹，有什么结构变化只有你自己能知道

参与人数 Participants 2	eV +2	收起理由 Reason
HarrisLin	+ 1	谢谢
sobereva	+ 1	我很赞同

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