HarrisLin 发表于 2017-10-16 23:05
如果你有照著安裝步驟完全裝完
一開始啟動的時候要
先用終端進去amber16安裝檔案的資料夾

恩  非常感谢  可以用了  

sobereva 发表于 2017-10-16 17:44
amber可执行文件的目录没有添加到PATH环境变量

谢谢社长  加了之后就好了

如果你有照著安裝步驟完全裝完
一開始啟動的時候要
先用終端進去amber16安裝檔案的資料夾
source amber16.sh
然後你可以用antechamber試試看amber是否有啟用
有啟用的話會跳出說明文字
這時候就可以從這個資料夾離開去其他資料夾使用amber
(每次新啟用終端都要來一次 和GMX不同)

huhuhu 发表于 2017-10-16 11:45
谢谢你啊 我按照这个装好了 但是照着麻黄素例子操作的时候发现命令不能执行
我输入 antechamber -i Ephe ...

amber可执行文件的目录没有添加到PATH环境变量

HarrisLin 发表于 2017-10-12 11:33
啊  我是用實體安裝
電腦兩顆硬碟搞雙作業系統
個人感覺虛擬機蠻容易出問題

谢谢你啊 我按照这个装好了 但是照着麻黄素例子操作的时候发现命令不能执行
我输入 antechamber -i Ephedrine.pdb -fi pdb -o Ephedrine.prepin -fo prepi -c bcc -s 2
但是显示  antechamber：未找到命令
请问您遇到过这种问题么？

icc如果自己装，编译起来挺麻烦。如果有MKL，直接用GCC就行。

HarrisLin 发表于 2017-10-12 11:33
啊  我是用實體安裝
電腦兩顆硬碟搞雙作業系統
個人感覺虛擬機蠻容易出問題

恩 好的 谢谢 我按官网的试试  有问题了再向您请教

huhuhu 发表于 2017-10-12 11:27
恩 我试试看 请问你是虚拟机上装的吗？
现在是试了好几个版本了 虚拟机上安装的时候各种其他问题  解决 ...

啊  我是用實體安裝
電腦兩顆硬碟搞雙作業系統
個人感覺虛擬機蠻容易出問題
最初我也是想弄虛擬但是失敗幾次後
就去買塊硬碟回來搞雙碟雙系統了

HarrisLin 发表于 2017-10-12 00:48
建議直接參考Amber17的官方使用手冊
我照著指示複製貼上就裝好了
我用的是ubuntu 16.04.

恩 我试试看 请问你是虚拟机上装的吗？
现在是试了好几个版本了 虚拟机上安装的时候各种其他问题  解决一个又有一个  icc装过了 还是could not be found

建議直接參考Amber17的官方使用手冊
我照著指示複製貼上就裝好了
我用的是ubuntu 16.04.

huhuhu 发表于 2017-10-10 17:31
我从官网自己也下了一个试了试 然后又出现这样的问题
NOTE: update_amber only updates the raw source ...

缺库，我觉得这问题你可以直接去公社群里问了

薛定谔的猫 发表于 2017-10-10 09:39
amber官网的amber16的tar压缩吧

我从官网自己也下了一个试了试 然后又出现这样的问题
NOTE: update_amber only updates the raw source code! You must recompile if you want
      any changes to take effect!



AMBER_PREFIX=/home/zhoulin/amber14
AMBER_SOURCE=/home/zhoulin/amber14

Error: The X11 libraries are not in the usual location !
       To search for them try the command: locate libXt
       On new Fedora OS's install the libXt-devel libXext-devel
       libX11-devel libICE-devel libSM-devel packages.
       On old Fedora OS's install the xorg-x11-devel package.
       On RedHat OS's install the XFree86-devel package.
       On Ubuntu OS's install the xorg-dev and xserver-xorg packages.

          ...more info for various linuxes at ambermd.org/ubuntu.html

       To build Amber without XLEaP, re-run configure with '-noX11:
            ./configure -noX11 intell
Configure failed due to the errors above!

huhuhu 发表于 2017-10-9 22:09
解压后只有benchmarks src test 还有两个文本。是从社长的一篇文章给的链接下载的
http://bbs.keinsci.c ...

amber官网的amber16的tar压缩吧

薛定谔的猫 发表于 2017-10-9 21:20
不会吧，我解压了amber16，发现里面有啊，而且amber16解压以后本身就有ambertools文件夹，你的amber是啥

解压后只有benchmarks src test 还有两个文本。是从社长的一篇文章给的链接下载的
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... amp;highlight=Amber
你解压的那个是Ambertools的压缩包吧？  能给个联系方式吗？ 好好向您请教请教