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关于施加渗透压的问题

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shizizuo

发布时间: 2017-9-25 20:28

正文摘要:

我想对环肽纳米管的两侧的水分子施加渗透压，有tcl force 和tcl bc l两种方式，但我用tcl force 算提示错误，不知道该怎么改呢？另外怎么用tcl bc施加渗透压呢？

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shizizuo 发表于 Post on 2017-9-26 09:46:34

感谢回复，这个脚本是我看了Simulation of Water Permeation Through Nanotubes后修改成的，可是他跑npt的时候出现错误
can't use non-numeric floating-point value as operand of "/"
while executing
"expr $z-round($z/$cellLengthZ)*$cellLengthZ"
(procedure "calcforces" line 6)
invoked from within
"calcforces"
请问脚本中的这一行怎么修改呢？

ruanyang 发表于 Post on 2017-9-25 22:09:23

建议查看NAMD官网上教程Simulation of Water Permeation Through Nanotubes 这上面有相关的case可以学习

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