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请教:使用什么样的软件画charge density?

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发布时间: 2017-9-25 16:06

正文摘要:

各位好,我想画一个类似下面的charge density的图,有两个问题想请假: 1.这种图是用什么软件画的呢? 2.我用cp2k得到一个.cube文件(附件中),可以通过什么软件做出这样的图呢? 谢谢

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2017-9-27 11:26:38
wudazhuang509 发表于 2017-9-26 18:55
谢谢老师,可以了。
我看您又在其他帖子里面回复VMD中选取一些原子或者分子,我想请问下,怎样只在我选 ...

如果你只想显示某些原子贡献的MO部分,看此文,在Multiwfn里可以选择去掉某些原子的贡献
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
sobereva 发表于 Post on 2017-9-25 22:24:48
wudazhuang509 发表于 2017-9-25 22:18
4
-10 Return to main menu
-2 Obtain of deformation property

你先选100(自定义函数),然后才会让你选择作图类型。平面图的绘制例子参考手册4.4节

可以贴图,见置顶的新人必读里关于贴图方式的说明。

在Multiwfn主功能0里可以直接看cube文件等值面,会看到等值面分布明显严重偏离原子坐标。用VMD看也是一样的问题。至于CP2K的设置我不太清楚。
wudazhuang509 发表于 Post on 2017-9-25 22:18:22
sobereva 发表于 2017-9-25 21:25
原理上用Multiwfn可以,把settings.ini里iuserfunc设-1(目的是令自定义函数对应格点数据插值的函数),再 ...

4
-10 Return to main menu
-2 Obtain of deformation property
-1 Obtain of promolecule property
0 Set custom operation
8 Electrostatic potential from nuclear charges
14 Reduced density gradient(RDG) with promolecular approximation
16 Sign(lambda2)*rho with promolecular approximation
100 User defined real space function, iuserfunc= -1  
sob老师,回复好像不能贴图,上面是我复制的主功能4下面的选项
wudazhuang509 发表于 Post on 2017-9-25 22:08:13
sobereva 发表于 2017-9-25 21:25
原理上用Multiwfn可以,把settings.ini里iuserfunc设-1(目的是令自定义函数对应格点数据插值的函数),再 ...

谢谢老师的回答。
不好意思,我没注意到文件大小,以后会注意的。
sob老师您说的格点数据原点和原子位置不对应,是因为我的原子坐标不是在0为中心取造成的么?同时我试过把cube文件放入Multiwfn中,主功能4下面没有出现像手册中讲的等值线图(选项4),这个怎样解决呢?
sobereva 发表于 Post on 2017-9-25 21:25:13
原理上用Multiwfn可以,把settings.ini里iuserfunc设-1(目的是令自定义函数对应格点数据插值的函数),再启动Multiwfn,载入cube文件,然后用主功能4绘制用户自定义函数的等值线图。但是你的cube文件里格点数据原点和原子位置貌似不对应,还没法直接这么操作。
PS:上传cube等ASCII型文件时建议先压缩下以节约论坛空间。

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