关于PDB中小分子成键的疑问

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发布时间: 2017-9-24 17:33

正准备进行蛋白（蛋白包裹着小分子辅基）与底物复合物的分子动力学模拟然后发现小分子辅基中某碳原子C1上有两个氧原子O1，O2 碳原子与两个氧原子分别形成一单键，一双键但C1是与01，还是O2形成单键无法判断（C2 ...

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azero 发表于 Post on 2017-9-26 00:07:14

sobereva 发表于 2017-9-25 21:12
给谁加无关大碍，如果真是一个P-O长一个短，差异明显，给长的加

嗯嗯。。sob老师啊，还有一个问题。记得AnteChamber创建小分子力场时，好像可以忽略键级？

azero 发表于 Post on 2017-9-26 00:04:34

abdoman 发表于 2017-9-25 20:48
可以试试自动加氢软件，比如H++:
http://biophysics.cs.vt.edu/

sobereva 发表于 Post on 2017-9-25 21:12:35

azero 发表于 2017-9-25 09:33
哦哦。。。既然PDB不包含键级，那怎么断成单键还是双键？图中P与一个氧形成双键（P=O），一个形成单键（P ...

给谁加无关大碍，如果真是一个P-O长一个短，差异明显，给长的加

abdoman 发表于 Post on 2017-9-25 20:48:29

可以试试自动加氢软件，比如H++:
http://biophysics.cs.vt.edu/

sobereva 发表于 Post on 2017-9-25 07:59:11

pdb文件里CONECT字段只体现原子是怎么连接的，不体现键级，但是mol2格式包含键级信息
你的二维结构图的单双键是对的

azero 发表于 Post on 2017-9-24 23:27:44

本帖最后由 azero 于 2017-9-24 23:40 编辑

abdoman 发表于 2017-9-24 20:20
图看得不太清楚，这个碳C2 有几个键？

发现看错了，不是碳原子，C1和C2都是 P原子， P1和P2旁边都是4个氧原子。都有一个氧原子与P1和P2形成双键

abdoman 发表于 Post on 2017-9-24 20:20:54

图看得不太清楚，这个碳C2 有几个键？

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