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单晶结构疑问

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发布时间: 2017-8-24 21:07

正文摘要:

计算分子长度,想把计算结果与测得的单晶结构比较,看一下差别。(测量分子长度时不包含H原子和C-H键,因为测单晶得到的氢原子的位置是不准的) 在测得单晶结构中发现有几种, 一种称为A类吧,就是我用程序一 ...

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万卷书万里路 发表于 Post on 2017-8-25 14:11:54
liyuanhe211 发表于 2017-8-25 03:17
描述比较绕,没get到到底想问什么。

你第一张图上两个数据的差异并不很大,横跨了11根键,且这个距离数 ...

其实横跨那么多键是想表示分子的长度差的大,因为我量了上下两个分子的键长是不同的,键角也是不同的,没有一一标出来。
想问的已经从您的回复里找到了,谢谢!
万卷书万里路 发表于 Post on 2017-8-25 14:08:43
ChrisZheng 发表于 2017-8-24 21:39
有可能是空间群指定的不对,也就是解的不对;还有一种可能是结构就是这个样子的,一个最小单元里面有两个差 ...

嗯,我感觉是解的问题,再查查看,谢谢~
liyuanhe211 发表于 Post on 2017-8-25 03:17:37
描述比较绕,没get到到底想问什么。

你第一张图上两个数据的差异并不很大,横跨了11根键,且这个距离数值还受到这11根键之间的键角和二面角的影响,误差积累了这么远才相差了千分之2,完全可以接受。一般计算的精度不会达到这么高,而且你可能是计算气相(溶液相)分子的几何结构,光晶体与气相/溶液相在模型上的差别也大于千分之二了。

再就是实验上的问题,晶体长的不好、衍射测得不好的时候,实际上并不严格满足平移对称性及由他得出的各种推论,所以可以设想每个晶胞之间有一定差异。此时把原有晶胞延伸开一个单位、相当于近似增加了一倍的拟合参数,当然可以更好的向测得的衍射拟合,不过这不一定有意义(例如一共9个数据点拿8阶多项式拟合,当然比4阶好了)。

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ChrisZheng 发表于 Post on 2017-8-24 21:39:37
有可能是空间群指定的不对,也就是解的不对;还有一种可能是结构就是这个样子的,一个最小单元里面有两个差不多的分子。

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