纯水体系水分子成氢键个数随z坐标的变化

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发布时间: 2017-8-6 21:46

请问大家，我用vmd搭建纯水盒子体系之后用NAMD跑了10ns的npt后又跑了一段时间的nvt平衡，后用sob老师的脚本算出来氢键个数比老师少一个，不知道是什么原因，sob老师算出来大约3个，我算出来是2个。脚本如下

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清微 发表于 Post on 2017-11-18 20:47:18

请问您最后找到解决办法了么？另外问一下，如果轨迹文件是xyz格式，没有残基名称，"same resid as resname SOL……”这里该怎么定义？

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