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关于GAFF力场生成过程中提示信息的问题

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Amiswen

发布时间: 2017-6-30 10:07

正文摘要:

老师好，在生成GAFF力场的最后一步生成.prmtop文件时出现这样的文字，需要去改什么文件呢，这样产生的.prmtop文件是不是就不合理呢？谢

回复 Reply

Amiswen 发表于 Post on 2018-3-9 16:10:12

老师好，含硼的有机小分子（几十个原子，无金属）用antechmber转化GAFF力场时提示“[AMBER] ERROR: the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen，”，查阅文献后发现这个力场不包含硼原子的参数，请问老师，1）如果想用这个力场应该如何处理；2）换其他力场的话，哪些力场（除了UFF,dreiding之类）有可能实现？感谢~

Amiswen 发表于 Post on 2017-7-1 09:13:10

谢谢回复。但是我用gaussView打开时发现有一些原子没有正常显示，我觉得可能是这一步有问题

shx 发表于 Post on 2017-6-30 19:09:28

没有问题啊，一切正常

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