最小化输出文件中不是每一步都输出能量

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发布时间: 2017-6-13 16:33

最小化输出文件中不是每一步都输出能量，但是正常结束，跑完整的动力学后，径向函数分布图有问题而且空间分布图只出现如图2所示的图，如图所示，这是什么原因呢？谢谢！

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sobereva 发表于 Post on 2017-6-17 15:39:23

15whyhq 发表于 2017-6-17 11:09
我模拟的是纯离子液体，rdf统计的是N原子与Br-的距离。最小化，体系平衡，退火，产物平衡都正常结束了， ...

结合轨迹的实际情况以及rdf的定义，从而分析rdf曲线的合理性
只要绘制rdf的命令没有错误，rdf总是反映实际轨迹的情况

15whyhq 发表于 Post on 2017-6-17 11:09:36

sobereva 发表于 2017-6-13 21:14
看优化轨迹和最终结构，如果没问题，rdf跑成什么样和你极小化根本没有直接关系
力场设定、MD的参数、结构 ...

我模拟的是纯离子液体，rdf统计的是N原子与Br-的距离。最小化，体系平衡，退火，产物平衡都正常结束了，但是不知道rdf图就做出的是这样的？

sobereva 发表于 Post on 2017-6-13 21:14:42

看优化轨迹和最终结构，如果没问题，rdf跑成什么样和你极小化根本没有直接关系
力场设定、MD的参数、结构的构建、rdf统计设定才影响rdf图
你没交代具体是什么体系，rdf统计的是什么，光给那个图什么也说明不了

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