sobereva 发表于 2024-3-7 03:12 非常感谢卢老师  |
JCenter 发表于 2024-3-6 23:19 预测反应活性问题适合Hirshfeld电荷 参考 Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7） TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html） |
本帖最后由 JCenter 于 2024-3-7 00:35 编辑 sobereva 发表于 2017-5-13 12:38 老师，我通过multiwfn对一些有机物以及复合物在自由状态下使用内置的球化原子密度分别计算了相应的Hirshfeld电荷和ADCH电荷，想探究葫芦脲CB6影响下的质子化氮的反应活性的变化。通过Hirshfeld电荷，发现CB6增加了PIPH+和PIP2H+的N4原子的亲核性（值更低）,但是ADCH电荷的结果正好相反：CB6存在下，PIPH+和PIP2H+的N4原子的亲核性降低（值升高）。这应该用哪种原子电荷的结果更合适呢。结构及示意图、以及相应的原子电荷如图所示,这些有机物以及复合物的波函数信息均是在B3LYP-D3(BJ)/6-311G**结合IEFPCM水模型下优化后得到的波函数文件。 |
1.png (106.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 78)
wzkchem5 发表于 2023-11-18 17:40 好的，谢谢老师 |
wanan 发表于 2023-11-18 08:47 需要，否则的话画出来的图虽然正确，但是误导性很强 |
| sob老师,请问在不同电场强度下优化分子，使用VMD渲染原子电荷，比较它们电荷的变化情况是否需要在同一色彩刻度下比较？ |
a815648905 发表于 2018-11-5 20:05 可以 |
sobereva 发表于 2017-5-13 12:38 老师，您好！请问原子电荷计算用的方法和基组可以不和优化频率一致吗？ |
冰释之川 发表于 2017-5-13 12:14 肯定不能用不同的方法，而必须予以解释 Hirshfeld虽然性能不怎么样，比如对静电势重现性很差、数量级明显偏小等，但是能比较好地反应intrinsic分布，既然它与ADCH都一样了，就按照Hirshfeld/ADCH的结果来讨论。毕竟实际算出来是什么样就是什么样。 |
sobereva 发表于 2017-5-13 11:49 刚刚验证了Hirshfeld电荷，它和ADCH电荷趋势一致，但是NPA电荷怎么和它们趋势都是相反的，就很纳闷，因为计算都是对同一个构型计算的。 如果这两个系列分子是两篇不同的文章里，我可以按照“期望的”趋势来选择相应的计算方法。但是如果是同一篇文章里两个系列对比，那么 这下就蛋疼了，难道我要对不同系列选择不同的计算方法？  |
|
没法说哪个一定更可靠，只不过反映不同侧面而已。而且构象还会影响结果（除非用那些不依赖于构象的方法，比如gasteiger电荷） 也计算Hirshfeld电荷进行比较 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2025-8-15 18:36 , Processed in 0.154016 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites
