添加離子前的能量最小化錯誤 (已解決)

查看数: 12286 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2017-5-10 17:20

本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-11 11:19 编辑感謝Sob老師和前輩們的指點!! 後來發現是教學的問題 = = The inclusion of position restraints indicates the end of the "Protein" molec ...

回复 Reply

diaok 发表于 Post on 2017-5-10 21:37:29

HarrisLin 发表于 2017-5-10 20:02
Sob老師你好
我是照教學做的
放在.top尾端

[ atomtypes ]是只能放在比较靠前的位置
出现分子之后就不能再加这种参数了
要include多个文件的话这些都要一起放在最前面
推荐全部复制到整体的top里，反正都是amber的多了也不影响
单个itp文件里面这些信息还想保留的话可以随便用个ifdef之类的注释掉

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
HarrisLin	+ 1	謝謝我明天或許會試試看刪掉他因為我是.

sobereva 发表于 Post on 2017-5-10 19:13:08

不是质量的事，你也不需要改质量，而是[ atomtypes ]出现位置不合适，这和你把这个.itp文件插入到.top里的具体位置有关。

你可以尝试用-nt指定并行的线程数。如果你不是用的MPI并行，多核并行时理应高于100%。

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
HarrisLin	+ 1	謝謝老師提點已解決問題並補上解法

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register