认真把此文看了，补充基本信息，别含糊其辞，最起码说清楚你想问什么、你为什么觉得异常而问“该怎么办”
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

存在pi-pi堆积时自然倾向会平行排列方式聚集，没有丝毫异常，认真看下文了解相关常识
谈谈pi-pi相互作用
http://sobereva.com/737（http://bbs.keinsci.com/thread-51636-1-1.html）

帖子标题必须完整，注意检查好后再发帖。我已经把之前被截断的标题  “想请教一下跑完md小分子出现聚集（平行排列）该怎么办？体系含一个蛋白和N个小... ”  改了，以后注意

目的是什么？结合过程？还是分子如何影响蛋白？

用普通力场、多个小分子放一起的话这是很常见的现象，很多文献都有提到的。