sobtop生成COF体系的gromacs的itp时，会警告说原子类型错误

查看数: 82 | 评论数: 1 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2025-8-21 10:21

各位老师好，我最近计算一个COF体系，然后使用sobtop来生成itp和top文件，但是会警告“Warning: atom type of N6 (ne) and C9 (ce) may be wrong.”，提示说N以及和该N相连的C可能错误， ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 6 hour ago

你的体系里有一堆离散的HgCl2，没法直接用sobtop产生拓扑文件。并且当前的盒子信息完全是随意的，无论哪个方向都不满足周期性，本来是周期性的体系当成孤立体系模拟不变形才怪。

仔细看sobtop主页上MOF的例子（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex10）和相关讨论

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register