求助使用gmx rdf计算的径向分布函数最后不趋近于1

查看数: 73 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2025-8-20 20:54

各位老师好，我的体系是一个立方体的盒子，边长为3.8×3.5×6，然后体系中有6层的COF和8个Hgcl2,剩余用水分子填满，体系中有72个S和8个Hg，总原子数为7461，然后我现在对跑的轨迹进行分析，我设想的是Hg会和COF骨架 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 7 hour ago

。。。发表于 2025-8-21 10:52
好的，社长。我去看来一下发现RDF第一个峰对应的distance为0.33nm,而高斯中Hg-S键键长大约为0.25nm,那是 ...

“高斯中Hg-S键键长”语义不明，Gaussian程序又不会直接对应于一个键长，键长依赖于优化用的级别、具体体系

如果Hg会和S形成化学键，记住gromacs不支持反应力场，没法描述化学键的形成，要在动力学过程中描述Hg-S键生成的可能性建议用CP2K跑AIMD

。。。 发表于 Post on yesterday 10:52

sobereva 发表于 2025-8-21 06:32
根本没必要强行要求收敛到1，对于判断是否存在较近距离的Hg...S的接触，直接看rdf相应距离有没有峰就够了

好的，社长。我去看来一下发现RDF第一个峰对应的distance为0.33nm,而高斯中Hg-S键键长大约为0.25nm,那是不是说明其实Hg和S之间并没有成键呀，但是RDF中存在的峰能说明Hg和S之间存在比较强的相互作用吗

sobereva 发表于 Post on yesterday 06:32

根本没必要强行要求收敛到1，对于判断是否存在较近距离的Hg...S的接触，直接看rdf相应距离有没有峰就够了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register