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Avogadro构建了CL-20单分子结构，导入到Gaussian View出现原子错乱和化学键错乱情况

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悲观的乐观者

发布时间: 2025-8-20 20:40

正文摘要:

各位老师，我想请教一下，我采用Avogadro创建了CL-20的单分子结构，保存为pdb格式导入到Gaussian View中，出现了原子错乱以及化学键乱连现象，点击了‘clean’扫把按钮发现分子甚至簇成一团？

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悲观的乐观者 发表于 Post on yesterday 08:45

sobereva 发表于 2025-8-21 06:17
那叫GaussView
明明GaussView建模比Avogadro强得多，既然你都有GaussView，完全没有理由在Avogadro里建模
...

谢谢sob老师，感谢老师指正，我明白了，我再重新使用GaussView试一下，感谢sob老师！

悲观的乐观者 发表于 Post on yesterday 08:44

wzkchem5 发表于 2025-8-20 21:25
既然是单分子结构，应当保存为xyz。pdb一般适合保存较大的周期性结构。
然后创建一个gjf文件，用xyz文件的 ...

谢谢老师回答，我之前最开始保存的xyz结构，但是使用GaussView打不开，所以才保存为pdb格式，我再去试试您的方法，谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on yesterday 06:17

那叫GaussView
明明GaussView建模比Avogadro强得多，既然你都有GaussView，完全没有理由在Avogadro里建模
既然GaussView里看到的连接关系已经混乱了，显然此时不能再点clean以类似分子力场的方式优化，要不然结构自然变得极度扭曲
并且记得GaussView里有rebond重新判断键连关系按钮，参考下文
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

wzkchem5 发表于 Post on 前天 21:25

既然是单分子结构，应当保存为xyz。pdb一般适合保存较大的周期性结构。
然后创建一个gjf文件，用xyz文件的坐标部分替换掉gjf文件的坐标部分，就可以打开了

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