这种sign convention的问题没啥好纠结的，无非就是
(1) 同种电荷相互排斥、异种电荷相互吸引的现象要求用不同符号描述原子核/质子的电荷与电子的电荷，而历史约定原子核/质子电荷为正、电子电荷为负；
(2) 编写程序描述化学体系在外加电场下的电势能时视角既可以是原子核也可以是电子，并且也不存在一个强制统一的标准要求不同程序的实现一致。

我不用VASP，但是VASP这个习俗未必是特立独行，据说Gaussian的外加电场方向习俗也和物理习俗相反。实际计算之前，尤其是比较不同程序的结果之前，按Chem. Soc. Rev., 2018, 47, 5125说的确认一下具体程序的特定习俗总是最保险的。