能量最小化报错：原子数量不匹配

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发布时间: 2025-8-18 13:36

各位老师好，想请教一个问题，我是先用packmol生成一个盒子，里面是20个MB和5个水凝胶，然后用LigParGen在OPLS-AA力场上用生成的MB和水凝胶的itp文件,我数了top文件是1200个原子而盒子的gro文件是1185，但是我不知道 ...

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moiraaa 发表于 Post on 4 day ago

本帖最后由 moiraaa 于 2025-8-18 18:10 编辑

pal 发表于 2025-8-18 16:55
检查一下packmol用的结构文件和生成立场用的结构文件是否对应（原子排序和原子数目）

我找到了缺失的原子，我的每一个水凝胶都比top缺失3个原子，但是又没有办法修改盒子的gro文件，没有坐标

pal 发表于 Post on 4 day ago

检查一下packmol用的结构文件和生成立场用的结构文件是否对应（原子排序和原子数目）

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