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发布时间: 2025-8-16 23:37
正文摘要:本帖最后由 xsc6 于 2025-8-17 00:06 编辑 各位老师好，在学习了sob老师gmx培训班后，我想把一个分子插入到膜中，前面的一切都比较顺利，分子的拓扑文件用sobtop产生，膜是Lipid17力场。膜已经跑了一百ns，基本达 ... |
本帖最后由 xsc6 于 2025-8-18 02:02 编辑 sobereva 发表于 2025-8-17 00:06 sob老师好，我在原帖补充了一种我的猜想，麻烦您看看是不是有这种可能性，因为如果插入选择system就是成功插入，但是下层不含有分子的也被remove挖了一个孔洞，说明运行没问题，问题出在第二次选择的被插入的组上（我的分子一半在磷脂外），主要是不太清楚这个软件运行的逻辑，是否要将包裹分子的原子全部选进去（至少system全包括了） 后记：建立索引文件，被插入的组选择上岑磷脂分子和水，成功实现插入 |
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那个功能本身就是用来插入蛋白质的，没考虑其它类型分子，用于插入其它类型分子可能处理不当。试试把小分子残基名设成氨基酸残基，伪装成蛋白质，看看能不能骗过membed。 实在不行就尝试借助packmol产生小分子+磷脂层的初始结构，或者用VMD把小分子挪到合适的位置，删掉与之重叠的磷脂分子 |
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