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能量最小化后NVT 升温初始步 LINCS 崩溃（madrid 2019的H3O+体系，CUDA error #700）

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kogareru1z

发布时间: 2025-8-14 03:29

正文摘要:

我在对纯H3O+体系进行nvt升温测试时模拟崩溃。我首先进行了能量最小化，log显示如下： NOTE 1 [file init.top, line 14]: System has non-zero total charge: 8.500000 Total charge sho ...

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kogareru1z 发表于 Post on 4 min ago

gyp 发表于 2025-8-16 09:32
CUDA error #700不进行任何修改，直接原命令再跑几次有概率不报错正常结束

似乎就是lincs算法的问题约束了键角导致崩溃，我试了很多次并不会正常结束

gyp 发表于 Post on 前天 09:32

CUDA error #700不进行任何修改，直接原命令再跑几次有概率不报错正常结束

kogareru1z 发表于 Post on 4 day ago

再次测试发现，将constraint_algorithm = LINCS 改为 SHAKE，nvt模拟不再报错，查看最后生成的结构文件，H3O+也保持刚体；这是否是lincs的算法bug？查看官方文档发现lincs算法似乎不能与角度约束一起使用？这里约束三对H-H距离是否就变相等于约束了HOH角度从而导致模拟崩溃？

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