求助能量最小化后体系能量还是很高

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发布时间: 2025-8-2 17:14

老师们我模拟的是li在固态聚合物电解质中的传输，首先计算了litfsi和聚合物的resp电荷，然后用packmol产生174个锂离子、174个tfsi离子、20个聚合物链均匀混合的12*12*12nm的立方盒子，名为mix1.pdb，之后又通过sobto ...

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huangzi 发表于 Post on 2025-8-3 10:43:27

sobereva 发表于 2025-8-3 02:43
如果追求严谨，做二面角势能面扫描并拟合参数，补进sobtop的bonded_param.dat。如果对这个分子自身构象并 ...

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-8-3 02:43:34

huangzi 发表于 2025-8-3 02:22
卢老师，我尝试用了gaff2发现还是missing，如图所示，那接下来是要按照这样模拟吗?还是换一种方法啊

如果追求严谨，做二面角势能面扫描并拟合参数，补进sobtop的bonded_param.dat。如果对这个分子自身构象并不关心，bonded_param.dat里找其它的二面角势函数凑合借用

huangzi 发表于 Post on 2025-8-2 22:03:06

sobereva 发表于 2025-8-2 22:00
尝试GAFF2，带的参数更多

明明受力都已经收敛了，在意能量高低毫无意义，这根本不是你需要关注的

好的谢谢sob老师，我现在重新尝试一下

sobereva 发表于 Post on 2025-8-2 22:00:52

huangzi 发表于 2025-8-2 21:31
老师，我tfsi离子一开始用的gaff力场，但dihedrals 参数有的不存在，如图所示，假如用这个这种情况不会影 ...

尝试GAFF2，带的参数更多

明明受力都已经收敛了，在意能量高低毫无意义，这根本不是你需要关注的

sobereva 发表于 Post on 2025-8-2 21:08:55

老生常谈的问题。凡是柔性普通有机分子（无论中性还是离子），一律应当默认用GAFF或GAFF2，而不是基于Hessian计算力常数，认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11

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