Gromacs 200个相同分子聚集模拟报错

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发布时间: 2025-7-27 19:35

本帖最后由 lts！于 2025-7-27 19:50 编辑我在模拟两百个有机共轭小分子L8BO在初始15*15*15nm盒子中的聚集情况，L8BO分子首先通过gaussian（b3lyp/6-31g(d)）进行了几何优化和频率分析，得到的fchk文件通过Mult ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-7-29 20:57:21

lts！发表于 2025-7-29 16:26
老师，我参考了您的建议，在生成itp和top文件时，只用DFT计算结果赋予了中心的稠环核心部分的力常数，我 ...

可以

lts！ 发表于 Post on 2025-7-29 16:26:32

sobereva 发表于 2025-7-28 01:23
你这个体系直接让sobtop用GAFF参数就完了，根本不应该用mSeminario。仔细看http://sobereva.com/soft/Sobto ...

老师，我参考了您的建议，在生成itp和top文件时，只用DFT计算结果赋予了中心的稠环核心部分的力常数，我想的是中心稠环是刚性共轭平面，而其他诸如端基基团和烷基链采用了GAFF原本的参数，然后能量最小化能收敛到100以下，NPT任务也很难报错了，老师，这样的处理方式合理吗？

lts！ 发表于 Post on 2025-7-28 10:44:59

好的好的，我再试一下，谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2025-7-28 01:23:07

你这个体系直接让sobtop用GAFF参数就完了，根本不应该用mSeminario。仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11
其它方面参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的排查和解决

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