使用sobtop计算cof的itp和top文件，跑npt过程时cof结构仍然会倾斜

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发布时间: 2025-7-24 01:42

各位老师好，我使用社长的sobtop软件得到的COF材料在GAFF力场下的top和itp文件，sobtop提示缺失三个二面角信息，其中c2代表=CH2上的C，cc代表与=CH相连的六元环上的C，，然后我是把这三个二面角信息都用X -c2-cc-X的 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-7-25 14:51:04

。。。发表于 2025-7-24 11:34
老师，我在npt.mdp中添加了periodic-molecules = yes，并且也删除了fourierspacing = ...

显然当前盒子太大了，根本不满足COF的周期性。不能随便截出一个孤立的COF片段然后再额外加个盒子来计算，盒子必须直接对应于COF的晶胞（或超胞）的参数

sobereva 发表于 Post on 2025-7-24 07:19:18

必须确保有跨盒子的bond项，否则成了孤立体系，自然会歪斜。这需要sobtop能识别出跨盒子的键，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop里创建周期性拓扑文件的例子和相关详细说明。并且网页里也说了

在GROMACS里做此体系的动力学模拟的时候别忘了在mdp里要加上periodic-molecules = yes，这样GROMACS才能考虑跨盒子的力场项，否则当前体系从拓扑关系上会被当做一个孤立的环状体系看待。

没事别写fourierspacing = 0.16

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