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动力学跑完后体系出现真空层

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雷阵雨

发布时间: 2025-7-15 10:24

正文摘要:

我的体系是一个有孔的材料，两侧和孔内用solvate填充了水，能量最小化后结构还是正常的（图1），但是跑完动力学后在材料的一侧出现了真空区（图2），且两侧水的密度变大了，体系中水的数量不变。以下是.mdp文件的内 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-7-17 10:10:30

雷阵雨发表于 2025-7-17 09:21
我的意思是对材料使用限制势跑完npt后发现材料发生了一定程度的形变，导致与镜像盒子中的材料之间存在缝 ...

也许一开始的盒子尺寸不对，本身就没法令体系满足周期性，导致跨盒子的键没有体现出来。也可能产生的拓扑文件本身有问题，没有跨盒子的键。如果你是用的sobtop产生的slab的拓扑文件，注意再仔细阅读http://sobereva.com/soft/Sobtop里面相关信息搞清楚sobtop是怎么判断成键关系的。

sobereva 发表于 Post on 2025-7-17 03:37:09

雷阵雨发表于 2025-7-16 15:24
我也发现了这个问题，加了控压后因为把材料freeze起来了，计算会崩掉。改用限制势后材料又没有周期性了， ...

用限制势和有周期性根本没任何冲突

雷阵雨 发表于 Post on 2025-7-16 15:24:30

sobereva 发表于 2025-7-16 11:37
你没控压，初始体系结构里水相密度不够大，自然跑完了会出真空区

我也发现了这个问题，加了控压后因为把材料freeze起来了，计算会崩掉。改用限制势后材料又没有周期性了，请问老师有没有什么好的解决办法呀

sobereva 发表于 Post on 2025-7-16 11:37:41

你没控压，初始体系结构里水相密度不够大，自然跑完了会出真空区

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