gmx_mmpbsa结合能计算总能量接近于0

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发布时间: 2025-7-14 21:19

我使用charmmgui构建了膜蛋白体系，其中蛋白采用amber14SB力场，POPE膜采用lipid力场，有机小分子电荷采用RESP2计算，选用GAFF力场。通过分析RMSD，认为体系达到了稳定状态并选取了90-100ns，裁剪得到了蛋白质和有机 ...

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bling莹莹子 发表于 Post on 2025-7-17 10:03:46

jackshoulder 发表于 2025-7-15 17:04
你先统计一下蛋白与小分子之间是否有氢键。然后再观察一下轨迹，蛋白与小分子是否紧密的结合在一起。如果这 ...

好的，谢谢你的回答。

jackshoulder 发表于 Post on 2025-7-15 17:04:24

你先统计一下蛋白与小分子之间是否有氢键。然后再观察一下轨迹，蛋白与小分子是否紧密的结合在一起。如果这些都没有问题，deltaG接近0的话，具体原因就不知道了

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