VMD模拟水结冰如何实现文献中的美化效果

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发布时间: 2025-7-13 21:39

本帖最后由 sarphuart 于 2025-7-13 21:48 编辑各位老师好，请问 VMD 可以实现以下文献图的美化效果吗，如果可以我应该怎么选择 Rep 语句，谢谢各位老师

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sarphuart 发表于 Post on 2025-7-16 12:36:52

Lacrimosa 发表于 2025-7-15 14:07
用chill+区分一下冰和水，然后把标记粘贴到pdb结构的occupancy部分，
VMD的rep里写occupancy 0 #假设0是冰 ...

好的，谢谢老师们的建议

Lacrimosa 发表于 Post on 2025-7-15 14:07:25

用chill+区分一下冰和水，然后把标记粘贴到pdb结构的occupancy部分，
VMD的rep里写occupancy 0 #假设0是冰，用dynamic bonds显示，
相对的，水就是not occupancy 0，用lines显示
最后效果就是图里的样子

sarphuart 发表于 Post on 2025-7-14 21:03:18

sobereva 发表于 2025-7-14 03:07
我记得文献里有判断冰相区域的算法/判据。自己写VMD tcl脚本，循环各个水，筛出来属于冰的原子加入列表，然 ...

谢谢sob老师，我去试试

sobereva 发表于 Post on 2025-7-14 03:07:41

我记得文献里有判断冰相区域的算法/判据。自己写VMD tcl脚本，循环各个水，筛出来属于冰的原子加入列表，然后用命令行创建一个rep并设置这些原子用licorice方式显示。其它部分用line显示

如果情况比较简单，界面很平坦，那就直接根据Z坐标范围设置定义选择范围设置rep就行了，不需要脚本

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