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寻找羟基脱氢与羟基自由基反应生成一分子水的过渡态，scan图像为单向曲线求解惑

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Jiangkunzhe

发布时间: 2025-7-13 19:34

正文摘要:

本帖最后由 Jiangkunzhe 于 2025-7-14 09:53 编辑 %nprocshared=12 %mem=240MW %chk=C:\Users\hasee\Desktop\0712.chk #p opt=modredundant b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) nosymm Title Card ...

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HATRE 发表于 Post on 2025-7-30 08:22:57

Jiangkunzhe 发表于 2025-7-26 09:29
您好，我想向您请教一下，搜索过渡态的时候，环状结构会发生改变，我想把无关的结构固定，只让羟基官能团 ...

限制性优化可以看sob老师的博文

Jiangkunzhe 发表于 Post on 2025-7-26 09:29:06

HATRE 发表于 2025-7-25 08:52
B3LYP-D3(BJ)/DEF2-TZVP//B3LYP-D3(BJ)/DEF2-SVP方法计算的，供参考：
https://alphacat.deepchem.cn/shar ...

您好，我想向您请教一下，搜索过渡态的时候，环状结构会发生改变，我想把无关的结构固定，只让羟基官能团参与过渡态搜索，如何可以做到？

HATRE 发表于 Post on 2025-7-25 08:52:03

B3LYP-D3(BJ)/DEF2-TZVP//B3LYP-D3(BJ)/DEF2-SVP方法计算的，供参考：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 749a63e3616c783c007

Jiangkunzhe 发表于 Post on 2025-7-16 13:06:48

sobereva 发表于 2025-7-16 11:14
扫描的最后一个点的结构下H在两个氧中间，是适合用来搜索过渡态的初猜结构

好的sob老师，我现在尝试一下。感谢您！

sobereva 发表于 Post on 2025-7-16 11:14:29

Jiangkunzhe 发表于 2025-7-15 09:47
sob老师，向您请教一下，这种情况能否覆盖整个H迁移过程？基于这个图像，应该选取哪一点作为过渡态初猜结 ...

扫描的最后一个点的结构下H在两个氧中间，是适合用来搜索过渡态的初猜结构

Jiangkunzhe 发表于 Post on 2025-7-15 09:47:40

sobereva 发表于 2025-7-15 04:32
你只是从反应物扫到了大约过渡态的位置，扫描路径没有覆盖整个H迁移过程，能量单调增加很正常

sob老师，向您请教一下，这种情况能否覆盖整个H迁移过程？基于这个图像，应该选取哪一点作为过渡态初猜结构？是水分子形成前的最后一步（第14步）还是形成水分子后的第一步（第15步）？

sobereva 发表于 Post on 2025-7-15 04:32:43

你只是从反应物扫到了大约过渡态的位置，扫描路径没有覆盖整个H迁移过程，能量单调增加很正常

Jiangkunzhe 发表于 Post on 2025-7-14 09:50:57

sobereva 发表于 2025-7-14 03:10
输出文件压缩后上传

sob老师，输出文件压缩包已上传，感谢解答疑惑！

sobereva 发表于 Post on 2025-7-14 03:10:45

输出文件压缩后上传

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