glycam、AMBER、GAFF这些都是完全兼容的,所以你用glycam的时候对于普通有机小分子自然应该先想到GAFF(或GAFF2) 至于像CO2这种微型又极为重要的分子,就像水分子一样早就有一堆专用力场,要追求精度自然应当用专用力场,在本论坛里搜,都有现成的拓扑文件。CHARMM36是生物分子力场,和模拟CO2根本八竿子打不着。 |
student0618 发表于 2025-7-11 18:15 好的好的,谢谢大佬,我尝试一下 |
本帖最后由 student0618 于 2025-7-11 18:38 编辑 全用Amber力场(小分子用GAFF/GAFF2),CO2找找文献有没有适用Amber style的力场, 建议用Amber力场更便捷。 或者是全都用CHARMM力场。 选好力场后按适当顺序Include各种文件,论坛或sobtop都有很多示例,先试试。 |
student0618 发表于 2025-7-11 16:52 所以我这样用力场是做不成的是吗,大佬建议怎么做那 |
Amber系列和CHARMM系列不可混用。 |
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