计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

淀粉与小分子在超临界二氧化碳条件下的动力学模拟,如何组合拓扑文件

查看数: 363 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2025-7-11 15:40

正文摘要:

各位大佬们,求助 在做淀粉与小分子在超临界二氧化碳条件下的动力学模拟,淀粉的拓扑文件用ambertools的glycam力场生成,小分子与二氧化碳的拓扑文件由charmm36力场生成,现在已向含有淀粉与小分子的盒子中填充了二 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2025-7-12 00:46:21
glycam、AMBER、GAFF这些都是完全兼容的,所以你用glycam的时候对于普通有机小分子自然应该先想到GAFF(或GAFF2)
至于像CO2这种微型又极为重要的分子,就像水分子一样早就有一堆专用力场,要追求精度自然应当用专用力场,在本论坛里搜,都有现成的拓扑文件。CHARMM36是生物分子力场,和模拟CO2根本八竿子打不着。
weifang 发表于 Post on 2025-7-11 20:27:02
student0618 发表于 2025-7-11 18:15
全用Amber力场(小分子用GAFF/GAFF2),CO2找找文献有没有适用Amber style的力场, 建议用Amber力场更便捷。
...

好的好的,谢谢大佬,我尝试一下
student0618 发表于 Post on 2025-7-11 18:15:38
本帖最后由 student0618 于 2025-7-11 18:38 编辑

全用Amber力场(小分子用GAFF/GAFF2),CO2找找文献有没有适用Amber style的力场, 建议用Amber力场更便捷。

或者是全都用CHARMM力场。

选好力场后按适当顺序Include各种文件,论坛或sobtop都有很多示例,先试试。

weifang 发表于 Post on 2025-7-11 17:03:02
student0618 发表于 2025-7-11 16:52
Amber系列和CHARMM系列不可混用。

所以我这样用力场是做不成的是吗,大佬建议怎么做那
student0618 发表于 Post on 2025-7-11 16:52:01
Amber系列和CHARMM系列不可混用。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 14:15 , Processed in 0.189662 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list