求助：gromacs模拟锌指结构蛋白质的力场选择与ZN处理是否正确

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发布时间: 2025-7-10 20:41

各位老师好，前些日子我用GROMACS对一个含有3个锌指结构的蛋白质与相关小分子进行分子动力学模拟，我选择的是CHARMM36全原子力场，TIP3P水模型，小分子我选择的是CGenFF，模拟完之后我用PYMOL打开发现锌指结构中的锌 ...

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王泽梁 发表于 Post on 2025-7-15 17:30:04

求求大佬们看一下

王泽梁 发表于 Post on 2025-7-10 22:39:48

student0618 发表于 2025-7-10 22:00
zinc结合的残基sidechain有没有去氢

老师您好，我刚刚回去观察了一下我蛋白质的结构，与zinc直接连接的硫原子与氮原子都是没有氢的

王泽梁 发表于 Post on 2025-7-10 22:16:40

student0618 发表于 2025-7-10 22:00
zinc结合的残基sidechain有没有去氢

老师，我在蛋白子拓扑的时候用过-ignh，其他就没有针对蛋白质的任何氢做过处理了

王泽梁 发表于 Post on 2025-7-10 22:13:52

student0618 发表于 2025-7-10 22:00
zinc结合的残基sidechain有没有去氢

您好老师，请问与锌结合的氨基酸残基没有去氢的影响是什么呢，去氢之后会有什么变化嘛

student0618 发表于 Post on 2025-7-10 22:00:12

zinc结合的残基sidechain有没有去氢

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