感谢三位的解答，我把gromacs复制到我自己的目录下修改环境变量和specbond.dat后问题解决了，pdb改起来还是太复杂了，谢谢

qmmyz 发表于 2025-7-9 11:22
感谢老师，修改原子坐标不影响其他结构对我来说还是比较困难，我还是用自己的电脑预处理蛋白吧

你直接改你电脑上的gromacs里的specbond.dat，然后在你电脑上生成.top文件传到服务器上用就可以了。如果你的电脑没装gromacs或者不好装，你也可以在服务器上自己编译一个cpu版的gromacs放在你的文件夹下，用来生成拓扑文件，没必要去动已经做好的结构文件。

感谢老师，修改原子坐标不影响其他结构对我来说还是比较困难，我还是用自己的电脑预处理蛋白吧

qmmyz 发表于 2025-7-9 11:06
感谢，我去修改一下我pdb文件里的距离试试，因为这个是学院公用服务器上的文件（specbond.dat），我可能不 ...

在自己个人电脑上产生tpr文件，传到服务器上跑
或者在服务器上把gromacs装到自己用户目录下

感谢，我去修改一下我pdb文件里的距离试试，因为这个是学院公用服务器上的文件（specbond.dat），我可能不太好改。

是specbond.dat中的这个键吗？
CYS        SG        1        CYS        SG        1        0.2        CYS2        CYS2
如果是的话，你得去改一下文件中0.2这个值，pdb2gmx只能识别到距离正负10%以内的特殊键（这个例子就是0.18-0.22 nm以内的键）。