关于拉伸动力学拉伸小分子移动方向的疑问请教

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发布时间: 2025-7-2 14:25

各位老师好，目前我已经可以将小分子从我的蛋白通道中拉出来，但是按照目前的mdp设置的拉伸参数，我查看轨迹的时候发现拉伸的方向有误，不是按照我想要的方向来拉伸的，目前拉伸的方向是下图中红色箭头的方向，但是 ...

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Dempey 发表于 Post on 2025-7-3 12:23:40

可以把pull-coord1-geometry设置成direction，配合pull-coord1-vec指定方向（0 0 1或0 0 -1），rate用正值就行

sobereva 发表于 Post on 2025-7-3 05:49:36

把rate设为负值看看

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