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请教各位老师关于有机分子发生反应的自由能计算问题

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发布时间: 2025-6-29 10:47

正文摘要:

本帖最后由 Fencros7y 于 2025-6-29 15:15 编辑 各位老师好,具体是一个有机分子的电化学氧化还原反应,在水溶液中结合钠离子(如附件图所示)。 目前我看到有相关的文献有好几种计算方式: (1) ΔG = G(PTCDA- ...

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-6-30 10:36:29
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-6-30 12:36 编辑
Fencros7y 发表于 2025-6-29 15:55
感谢分享,其实我的疑问之一就是您贴的第一个链接里的“为什么不直接用两个物种的溶液相的自由能相减?两 ...

http://sobereva.com/327用ctrl+f搜索关键词“巨懒无敌懒人”和“一种粗略但比较省事”即可看到相关讨论。既然已经知道文献的方法粗糙,那就没必要参考之。
编辑:也看这帖的问答
Fencros7y 发表于 Post on 2025-6-29 15:55:12
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-29 11:28
我不太确定方程右边的物种是否真长这样,也就是Na+和^{2-}是否确实会结合成团簇或者紧密离子对之类的东西, ...

感谢分享,其实我的疑问之一就是您贴的第一个链接里的“为什么不直接用两个物种的溶液相的自由能相减?两个物种的溶液相自由能可以直接通过其在溶液相下面的频率计算获得”这个问题。

我看类似的文献里基本都是溶液相自由能相减的居多,构建热力学循环的基本没见过,如果还要考虑单原子离子的溶解自由能计算误差那些的话就更没见过了(材料文章的计算都比较粗糙),所以现在有点纠结该怎么算。
Fencros7y 发表于 Post on 2025-6-29 15:17:44
glycosylation 发表于 2025-6-29 13:05
你这个b产物确定没有问题吗?为什么有两个碳加氢变成sp3了?

感谢细心发现问题,应该是那个文献画图的错误,我又添加了一个附图,也是类似的反应机理。
glycosylation 发表于 Post on 2025-6-29 13:05:05
你这个b产物确定没有问题吗?为什么有两个碳加氢变成sp3了?

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-6-29 11:28:22
我不太确定方程右边的物种是否真长这样,也就是Na+和[PTCDA]^{2-}是否确实会结合成团簇或者紧密离子对之类的东西,还是保持两个离子各自在溶液中水化的状态。如果是后者,实际上反应应当写成PTCDA + 2e- → [PTCDA]^{2-}的样子,没有钠离子的事情;如果是前者,鉴于在水溶液中“结合钠离子”实际上是取代钠第一配位层的水分子的过程,实际上反应应当写成PTCDA + 2[Na(H2O)6]+ + 2e- → [Na(H2O)5]2[PTCDA] + 2H2O的样子。

计算本身参考http://bbs.keinsci.com/thread-20987-1-1.htmlhttp://bbs.keinsci.com/thread-25729-1-1.html的讨论。

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