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发布时间: 2025-6-18 21:53
正文摘要:本帖最后由 Chenxi 于 2025-6-18 21:56 编辑 最近在关注文献上对于酶催化的双分子反应的计算模拟，发现在很多情况下，研究人员都会提到酶对其中一种底物的约束较弱，因此额外对其施加距离约束后再进行长时间MD模 ... |
student0618 发表于 2025-6-19 11:06 所以其实还是优先希望可以通过分子对接+不加约束的MD模拟来拿反应的初始构象，但是我的体系目前已经各种尝试过了，应该就是底物本身结合不稳导致的。 谢谢您的解答！ |
Chenxi 发表于 2025-6-19 10:18 如果结合不稳定是质子化弄错等原因意义也不大。 另外，如论坛其他帖子所说，这些情况试试其他docking结果的pose，如lower rank的pose，用来跑MD可能有更好的结果。 |
student0618 发表于 2025-6-18 22:02 哦～有可能，虽然这篇文献没有明确写是否为受体刚性对接，但的确，即使底物无法稳定结合在酶上，也可以通过引入约束来模拟一下引入底物对蛋白质构象的影响，让蛋白质充分弛豫。 那么这个长时间MD模拟在什么情况下是没有意义的呢，就我目前关注的酶催化双分子交叉偶联反应来说，这一步做了似乎有益无害。 |
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本帖最后由 student0618 于 2025-6-18 22:03 编辑 猜测是assume docking用的rigid receptor口袋可以refine，于是尝试在fully flexible + explicit solvent环境下看看induced fit。 当然，也不一定有意义的，要看情况。 |
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