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sobereva 发表于 2025-6-25 19:53
对

老师您好，因为考虑到水溶液中环丙沙星（CIP）分子可能以阳离子（CIP+）、两性离子（CIP+/-）、阴离子（CIP-）的形式存在，请问计算以离子形态存在的CIP与聚苯乙烯片段的结合能。
电荷、自旋多重度这样设置可以吗？CIP+（1 2）、CIP+/-（0 1）、CIP-（-1 2）
另外，几何优化与频率计算部分的关键词行的编写还可以用这些吗？
几何优化：“#p opt b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj ”
结合能计算：“#p b3lyp/6-311+g(2d,p) em=gd3bj counterpoise=2 ” 或者 “#p m062x/6-311+g(2d,p) counterpoise=2”

sobereva 发表于 2025-6-25 19:53
对

好嘞好嘞，谢谢老师

1814 发表于 2025-6-24 17:01
好的老师，“Translator”好像是我发帖以后，重新编辑的时候冒出来的。后面我注意一下哈:lov ...

对

sobereva 发表于 2025-6-24 05:28
你的帖子里有莫名其妙的Translator字样，意义不明。应当去掉。

你这种聚合物可以存在明显不同构象，以及 ...

好的老师，“Translator”好像是我发帖以后，重新编辑的时候冒出来的。后面我注意一下哈
另外，请问一下哈，关键词行这样编写正确吗？
几何优化：“#p opt b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj ”
结合能计算：“#p b3lyp/6-311+g(2d,p) em=gd3bj counterpoise=2 ” 或者 “#p m062x/6-311+g(2d,p) counterpoise=2”

你的帖子里有莫名其妙的Translator字样，意义不明。应当去掉。

你这种聚合物可以存在明显不同构象，以及与小分子明显不同的各种结合方式。最好是用GROMACS跑分子动力学，得到有代表性的结合构型，然后再截出一个簇，计算结合能和分析弱相互作用。光是像当前截图这样比较随意地摆一个结构，没什么实际意义，至少发像样的期刊很困难。

聚合物取的长度，比起小分子的最长轴长度两侧都多出8埃一般就行了

几何优化：B3LYP-D3(BJ)/6-311G**
相互作用能：B3LYP-D3(BJ)或M06-2X，结合6-311+G(2d,p)并考虑counterpoise