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多链结构的蛋白质+化合物进行分子动力学模拟；发现RMSD剧烈波动，查看轨迹肽链断裂

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wula

发布时间: 2025-6-5 02:50

正文摘要:

本帖最后由 wula 于 2025-6-6 00:39 编辑轨迹矫正指令如下：gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -center -ur compact -n index.ndx gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_ ...

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王肖索 发表于 Post on 2025-7-30 11:26:22

wula 发表于 2025-6-10 16:12
sob老师，这种情况有什么好的解决办法？

解决了吗？我用了-pbc cluster 还是出现波动，老师您怎么解决的呢

wula 发表于 Post on 2025-6-10 16:12:02

sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央，先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师，这种情况有什么好的解决办法？

wula 发表于 Post on 2025-6-6 07:51:23

sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央，先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师，是我发帖时填写错了，实际我的代码是如下：
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -center -ur compact -n index.ndx

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_cluster.xtc -o md.xtc -pbc mol -center

wula 发表于 Post on 2025-6-6 00:39:55

sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央，先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师是我填错了代码，我目前已更新我没有使用nojump

sobereva 发表于 Post on 2025-6-6 00:31:11

wula 发表于 2025-6-6 00:25
老师，有时还会有部分越过边界，这种情况应该怎么处理？

如果蛋白质一开始是在盒子中央，先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用nojump

DDbond 发表于 Post on 2025-6-5 13:46:14

pbc周期性问题

sobereva 发表于 Post on 2025-6-5 08:55:00

老生常谈的跨盒子问题。VMD里把盒子显示出来，认真看轨迹动画就知道怎么回事、轨迹修正对没有

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