求助用GROMACS计算相互作用能时的相关设置

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发布时间: 2025-4-30 15:39

本帖最后由风沙于 2025-4-30 15:57 编辑各位老师好：我用GROMACS 2022.3在AMBER（GAFF）力场下对含有水、一个聚合度为100原子数为828的聚合物链和一个药物分子（原子数为113）体系进行了模拟，盒子尺寸是3 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-5-9 00:15:20

风沙发表于 2025-5-8 16:39
老师，我用GROMACS 2022.3模拟时，mdp里设置的控压方式是C-rescale，但是这种控压方式用2018.8版本rerun ...

可以

风沙 发表于 Post on 2025-5-8 16:39:48

sobereva 发表于 2025-5-1 16:03
1 可以。

2 make_ndx产生索引文件，定义分别对应聚合物和药物分子的组，在mdp里使用

老师，我用GROMACS 2022.3模拟时，mdp里设置的控压方式是C-rescale，但是这种控压方式用2018.8版本rerun时不支持，如果改成别的控压方式可以rerun吗

风沙 发表于 Post on 2025-5-1 18:22:19

sobereva 发表于 2025-5-1 16:03
1 可以。

2 make_ndx产生索引文件，定义分别对应聚合物和药物分子的组，在mdp里使用

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-5-1 16:03:46

1 可以。

2 make_ndx产生索引文件，定义分别对应聚合物和药物分子的组，在mdp里使用

3 是。无视note
手动设置rlist，设置成和rcoulomb一样的值

4 是

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