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请问气水界面上碳链垂直于水面的现象是否合理

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ljh123

发布时间: 2025-4-29 13:19

正文摘要:

分子动力学模拟是在lammps中进行的。力场是用自己训练的机器学习力场。目前还在测试该力场的阶段。我设定两个全氟磺酸的质心距离为集合变量，结合plumed进行了元动力学模拟，结果出现两个全氟磺酸垂直水面的情况。我 ...

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ljh123 发表于 Post on 2025-5-1 10:49:19

我找到了一篇相同体系的经典力场MD模拟的文章，确实会出现垂直于水面的情况！

naoki 发表于 Post on 2025-5-1 08:44:29

其实这和你的表面活性剂浓度、表面曲率、以及是否LB膜都有关系

ljh123 发表于 Post on 2025-4-30 08:58:40

exity 发表于 2025-4-29 21:11
没有问题，很多实验证据也指向同一结论。

您好，请问可以分享下这个现象的相关文献吗？或者是关键词。十分感谢！

exity 发表于 Post on 2025-4-29 21:11:27

没有问题，很多实验证据也指向同一结论。

ljh123 发表于 Post on 2025-4-29 16:02:15

本帖最后由 ljh123 于 2025-4-29 16:06 编辑

sobereva 发表于 2025-4-29 15:36
这种事直接和成熟的、描述这种体系没有任何问题的诸如GAFF或GAFF2（有机分子）+ SPC/E或OPC（水）的结果去 ...

好的谢谢sob老师。我后续想模拟一些自由基之类的化学反应过程（训练非单重态下的机器学习力场），因为结合了加速采样的AIMD和经典分子动力学模拟都无法满足需求，所以准备用机器学习力场。考虑到论文的递进关系，所以也准备训练一个单重态下的机器学习力场，用于模拟获得一些简单的物理化学性质，当作是一个练习，同时也可以和文献中的经典力场数据以及实验数据做一个对照（比如对比精度之类的）。

sobereva 发表于 Post on 2025-4-29 15:36:01

这种事直接和成熟的、描述这种体系没有任何问题的诸如GAFF或GAFF2（有机分子）+ SPC/E或OPC（水）的结果去对照就完了。PS：并且我不觉得这种经典力场就能描述好的问题用ML势有什么意义

牧生 发表于 Post on 2025-4-29 14:29:17

GAFF力场模拟表面活性剂，并不会垂直插在水面，而是有点像西瓜藤一样，亲水部分插在水中，疏水部分平躺在水面

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