计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 新手求助，packmol里调用add box side 1.2指令对比没有 ...

新手求助，packmol里调用add box side 1.2指令对比没有调用add box side指令的区别

查看数: 404 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

WXC666

发布时间: 2025-4-28 19:35

正文摘要:

本帖最后由 WXC666 于 2025-4-28 19:59 编辑 packmol里调用add box side 1.2指令对比没有调用add box side指令的区别。我把这两者弄的模型通过ovito可视化，发现只是斜顶角的那一块的宽和长变大了，还有模型的整 ...

回复 Reply

WXC666 发表于 Post on 2025-4-28 21:36:48

sobereva 发表于 2025-4-28 21:12
不要管OVITO，一律以VMD里pbc box命令显示出来的盒子为准，这才是pdb文件里CRYST1字段记录的盒子。我从来不 ...

好滴，谢谢

sobereva 发表于 Post on 2025-4-28 21:12:06

不要管OVITO，一律以VMD里pbc box命令显示出来的盒子为准，这才是pdb文件里CRYST1字段记录的盒子。我从来不用OVITO

WXC666 发表于 Post on 2025-4-28 19:55:59

sobereva 发表于 2025-4-28 19:52
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

好的，抱歉，记住了。

sobereva 发表于 Post on 2025-4-28 19:52:10

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

WXC666 发表于 Post on 2025-4-28 19:45:03

还有一个问题请教大家，在packmol里面的分子数，我是根据我实际线下实验中采购的液体样品密度算的，公式是N=ρV/（M/NA），算出来的分子数，我之前想过一个上述第二个问题的解决措施，因为packmol里面的单位是埃，我在我的inside box 0. 0. 0. 200. 20. 200.修改成0000 205 25 205，这样增大的空间能不能减少原子接触边界的情况呢？

WXC666 发表于 Post on 2025-4-28 19:39:02

后面我需要用vmd对模型进行进一步的修改，我看博主发的贴子可以输入pbc box 显示盒子，这个盒子是不是我用packmol输出成pdb文件而没有显示出的盒子呢？如果在用vmd对我的模型修改前，用ovito打开原模型，发现边界有原子跑出来，会有什么影响吗？真诚求助，谢谢！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register