使用GMX进行NPT模拟时盒子突然炸开

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发布时间: 2025-4-26 09:38

各位老师好，在我对体系进行了1ns的berendsen预平衡后，转用parrinello-rahman压浴控压。 1.在berendsen压浴阶段，体系盒子几乎没有体积变化，是否正常？ 2.PR压浴盒子大小迅速收缩，紧接着突然盒子炸开，是什么原 ...

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onsager22 发表于 Post on 2025-4-26 20:56:07

感谢sob老师，1.修改fourierspacing 是因为使用gmx invert插入链之后盒子比较大，提示PME计算占比较大才修改的。2.berendsen以及运行了1ns，延长到10ns这种再继续PR吗

sobereva 发表于 Post on 2025-4-26 18:59:53

如果拓扑文件没问题，继续用berendsen，或者c-rescale
没事别乱改默认的fourierspacing

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