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求助VMD利用脚本绘制ESP图,使用tcl旋转坐标只改变CPK样式的分子,isosurface不动

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发布时间: 2025-4-25 17:14

正文摘要:

使用社长提供的ESPiso.vmd绘制ESP图,我想让某一根键沿着X轴的方向,让AI用tcl语言写了个脚本,发现只作用于CPK样式表示的分子,而ESP表面不会随着一起动。多次修改脚本仍无法解决。脚本见附件。

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爱喝茶 发表于 Post on 2025-4-27 09:18:55
本帖最后由 爱喝茶 于 2025-5-29 09:20 编辑
Stardust0831 发表于 2025-4-26 10:47
vmd的视角可以用指令控制的呀

是的,但是无法得知精确旋转角度使某根键对准某个视角,现在的解决方法是先计算出和X轴夹角后,用rotate旋转后作图,最起码一系列分子视角都一样了,虽然慢了点
Stardust0831 发表于 Post on 2025-4-26 10:47:15
爱喝茶 发表于 2025-4-25 18:37
试了multiwfn的坐标转换功能,确实可以,但就像文中说的波函数信息会改变,无法再绘制正确的ESP。当初没 ...

vmd的视角可以用指令控制的呀
爱喝茶 发表于 Post on 2025-4-25 18:37:01
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-25 17:25
“让某一根键沿着X轴的方向”这个操作,应当在计算产生电子密度和静电势之前就完成,否则等获得cub文件后再 ...

试了multiwfn的坐标转换功能,确实可以,但就像文中说的波函数信息会改变,无法再绘制正确的ESP。当初没有考虑使用nosymm,现在好多体系算完了想批量绘图,发现分子朝向不一致。手动调整视角又不精确。哎
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-4-25 17:25:25
“让某一根键沿着X轴的方向”这个操作,应当在计算产生电子密度和静电势之前就完成,否则等获得cub文件后再修改格点数据就不简单了。优化后的结构按http://sobereva.com/610提到的子功能5操作即可调整好,然后再在合理级别下做一次单点计算,注意如果程序有自动调整分子朝向的功能要取消(比如Gaussian要用nosymm关键词,看http://sobereva.com/297),以此获得波函数分析所需文件。

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